07-bootstrap-parametrico.Rmd

# *Bootstrap* paramétrico

```{r setup, include=FALSE, message=FALSE}
library(tidyverse)
library(patchwork)
library(broom)
source("R/funciones_auxiliares.R")
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, message = FALSE, warning=FALSE, fig.align = 'center', fig.height=2.5, out.width = '95%')
comma <- function(x) format(x, digits = 2, big.mark = ",")
theme_set(theme_minimal())
```


Cuando nuestras observaciones provienen de un modelo teórico parametrizado
con algunos parámetros que queremos estimar, y utilizamos máxima verosimilitud
para hacer nuestra estimación, no podemos aplicar directamente el *bootstrap* no
paramétrico que vimos en las secciones anteriores. La razón es que nuestro
estimador, en general, no es un estimador de *plug-in* necesariamente.

Sin embargo, suponiendo que el modelo paramétrico que estamos usando es
apropiado, podemos remuestrear de tal modelo para estimar la varianza de
nuestros estimadores. Este proceso se llama el *bootstrap* **paramétrico**.
Antes de hacer una definición precisa, veamos cómo calcularíamos error estándar
para los estimadores de máxima verosimilitud de la normal que vimos arriba.


**Ejemplo (sección máxima verosimilitud)**. Como ejercicio, podemos encontrar
los estimadores de máxima verosimilitud cuando tenemos una muestra $X_1, \ldots,
X_n \sim \mathsf{N}(\mu, \sigma^2)$ (puedes derivar e igualar a cero para
encontrar el mínimo). También podemos resolver numéricamente.

Supongamos que tenemos la siguiente muestra:

```{r}
set.seed(41852)
muestra <- rnorm(150, mean = 1, sd = 2)
```


La función generadora de la log-verosimilitud para una muestra es (ve la expresión
del ejercicio anterior y calcula su logaritmo), y generamos la función de verosimilitud
para nuestra muestra:

```{r}
crear_log_p <- function(x){
  log_p <- function(pars){
    media = pars[1]
    desv_est = pars[2]
    n <- length(x)
    # ve la ecuación del ejercicio anterior
    z <- (x - media) / desv_est
    log_verosim <- -(log(desv_est) +  0.5 * mean(z^2))
    log_verosim
  }
  log_p
}
log_p <- crear_log_p(muestra)
```


Ahora optimizamos (checa que el método converge):

```{r}
res <- optim(c(0, 0.5), log_p, control = list(fnscale = -1, maxit = 1000), method = "Nelder-Mead")
res$convergence
est_mle <- tibble(parametro = c("media", "sigma"), estimador = res$par) %>%
  column_to_rownames(var = "parametro")
```

Una vez que tenemos nuestros estimadores puntuales,

```{r}
est_mle
```

Sustitumos estos parámetros en la distribución normal y simulamos una muestra del
mismo tamaño que la original:

```{r}
simular_modelo <- function(n, media, sigma){
  rnorm(n, media, sigma)
}
muestra_bootstrap <- simular_modelo(length(muestra),
                             est_mle["media", "estimador"],
                             est_mle["sigma", "estimador"])
head(muestra_bootstrap)
```

Una vez que tenemos esta muestra *bootstrap* recalculamos los estimadores de máxima
verosimlitud. Esto se hace optimizando:


```{r}
# creamos nueva verosimilitud para muestra bootstrap
log_p_boot <- crear_log_p(muestra_bootstrap)
# optimizamos
res_boot <- optim(c(0, 0.5), log_p_boot,
  control = list(fnscale = -1, maxit = 1000), method = "Nelder-Mead")
res_boot$convergence
est_mle_boot <- tibble(parametro = c("media", "sigma"), estimador = res_boot$par) %>%
  column_to_rownames(var = "parametro")
est_mle_boot
```

Y esta es nuestra replicación *bootstrap* de los estimadores de máxima verosimilitud.

La idea es la misma que el *bootstrap*, con la ventaja de que estamos simulando
del modelo que suponemos es el correcto, es decir, estamos usando información
adicional que no teníamos en el *bootstrap* paramétrico. Ahora es necesario
repetir un número grande de veces.

Nótese que esta función solo envuelve el proceso de remuestreo, cálculo de la
función de verosimilitud y optimización:

```{r, cache = TRUE}
rep_boot <- function(rep, crear_log_p, est_mle, n){
  muestra_bootstrap <- simular_modelo(length(muestra),
                               est_mle["media", "estimador"],
                               est_mle["sigma", "estimador"])
  log_p_boot <- crear_log_p(muestra_bootstrap)
  # optimizamos
  res_boot <- optim(c(0, 0.5), log_p_boot,
    control = list(fnscale = -1, maxit = 1000), method = "Nelder-Mead")
  try(if(res_boot$convergence != 0) stop("No se alcanzó convergencia."))
  est_mle_boot <- tibble(parametro = c("media", "sigma"), estimador_boot = res_boot$par)
  est_mle_boot$rep <- rep
  est_mle_boot
}
reps_boot <- map_dfr(1:5000, ~ rep_boot(.x, crear_log_p, est_mle, n = length(muestra)))
reps_boot
```

Ya ahora podemos estimar error estándar:

```{r}
error_est <- reps_boot %>% group_by(parametro) %>%
  summarise(ee_boot = sd(estimador_boot))
error_est
```
Así que nuestra estimación final sería:

```{r}
bind_cols(est_mle, error_est) %>%
  mutate(across(where(is.numeric), round, 3)) %>%
  select(parametro, estimador, ee_boot)
```
Si usamos la rutina estándar de `R` (dejaremos para después explicar cómo
calcula los errores estándar esta rutina ---no es con bootstrap):

```{r}
broom::tidy(MASS::fitdistr(muestra, "normal"))
```

Podemos checar también la normalidad aproximada de las distribuciones
bootstrap para construir nuestros intervalos:

```{r, fig.height=2.8, out.width = '99%'}
ggplot(reps_boot, aes(sample = estimador_boot)) +
  geom_qq() + geom_qq_line(colour = "red") +
  facet_wrap(~parametro, scales = "free_y")
```
Las distribuciones son aproximadamente normales. Nótese que esto no siempre
sucede, especialmente con parámetros de dispersión como $\sigma$. (Examina
las curvas de nivel del ejemplo de arriba).


**Ejemplo**. Supongamos que tenemos una muestra más chica. Repasa los pasos
para asegurarte que entiendes el procedimiento:

```{r}
set.seed(4182)
muestra <- rnorm(6, mean = 1, sd = 2)
# función de verosimilitud
log_p <- crear_log_p(muestra)
# máxima verosimilitud
res <- optim(c(0, 0.5), log_p, control = list(fnscale = -1, maxit = 1000), method = "Nelder-Mead")
res$convergence
est_mle <- tibble(parametro = c("media", "sigma"), estimador = res$par) %>%
  column_to_rownames(var = "parametro")
est_mle
```
Hacemos *bootstrap* paramétrico

```{r, cache = TRUE}
reps_boot <- map_dfr(1:5000, ~ rep_boot(.x, crear_log_p, est_mle, n = length(muestra)))
reps_boot
```

```{r, fig.height=2.8, out.width = '99%'}
ggplot(reps_boot, aes(sample = estimador_boot)) +
  geom_qq() + geom_qq_line(colour = "red") +
  facet_wrap(~parametro, scales = "free_y")
ggplot(reps_boot, aes(x = estimador_boot)) +
  geom_histogram() +facet_wrap(~parametro)
```
Donde vemos que la distribución de $\sigma$ tienen sesgo a la derecha, pues en
algunos casos obtenemos estimaciones muy cercanas a cero. Podemos usar
intervalos de percentiles.

**Ejercicio (extra)**. Con más de un parámetro, podemos preguntarnos cómo
dependen las estimaciones individuales - en algunos casos pueden estar
correlacionadas. Podemos examinar este comportamiendo visualizando las
replicaciones bootstrap

```{r}
ggplot(reps_boot %>% pivot_wider(names_from = parametro, values_from = estimador_boot),
       aes(x = media, y = sigma)) + geom_point(alpha = 0.5) + coord_equal()

```
Esta es nuestra aproximación a la distribución de remuestreo de nuestro par de
estadísticas $(\mu_{\mathsf{MLE}}, \sigma_{\mathsf{MLE}})$. En este caso,
parecen ser independientes (lo cual es posible demostrar).


```{block2, type = 'mathblock'}

**Bootstrap paramétrico**. Supongamos que tenemos una muestra iid
$X_1,\ldots, X_n \sim f(x;\theta)$ de un modelo paramétrico, y un estimador
de máxima verosimilitud $\hat{\theta}_{\mathsf{MLE}}$ para $\theta$. El error
estándar estimado para $\hat{\theta}_{\mathsf{MLE}}$ por medio del *bootstrap*
paramétrico se calcula como sigue:

1. Se calcula $\hat{\theta}_{\mathsf{MLE}}$ para la muestra observada.
2. Se simula una muestra iid de tamaño $n$ de $f(x; \hat{\theta}_{\mathsf{MLE}})$ (muestra bootstrap).
3. Se recalcula el estimador de máxima verosimilitud para la muestra *bootstrap* $\hat{\theta^*}_{\mathsf{MLE}}.$
4. Se repiten 2-3 una cantidad grande de veces (1000 - 10000).
5. Se calcula la desviación estándar de los valores $\hat{\theta^*}_{\mathsf{MLE}}.$
obtenidos. Este es el error estándar estimado para el estimador $\hat{\theta}_{\mathsf{MLE}}.$


```

## Ventajas y desventajas de *bootstrap* paramétrico {-}

- Ventaja: el *bootstrap* paramétrico puede dar estimadores más precisos e intervalos
más angostos y bien calibrados que el no paramétrico, **siempre y cuando el modelo
teórico sea razonable.**

- Desventaja: Es necesario decidir el modelo teórico, que tendrá cierto grado de
desajuste vs. el proceso generador real de los datos. Si el ajuste es muy malo, los resultados
tienen poca utilidad. Para el no paramétrico no es necesario hacer supuestos teóricos.

- Ventaja: el *bootstrap* paramétrico puede ser más escalable que el no paramétrico, pues no es necesario cargar y remuestrear los datos originales, y tenemos mejoras adicionales cuando tenemos expresiones explícitas
para los estimadores de máxima verosimilitud (como en el caso normal, donde es innecesario
hacer optimización numérica).

- Desventaja: el *bootstrap* paramétrico es conceptualmente más complicado que el
no paramétrico, y como vimos arriba, sus supuestos pueden ser más frágiles que los del
no-paramétrico.

## Verificando los supuestos distribucionales {-}

Como hemos discutido antes, podemos hacer pruebas de hipótesis para checar si
una muestra dada proviene de una distribución conocida. Sin embargo, la
herramienta más común es la de los qq-plots, donde podemos juzgar fácilmente el
tamaño de las desviaciones y si estas tienen implicaciones prácticas
importantes.

El proceso es como sigue: si $X_1,X_,\ldots, X_n$ es una muestra de
$f(x;\theta)$, calculamos el estimador de máxima verosimilitud $\hat
\theta_{\mathsf{MLE}}$ con los datos observados. Enchufamos $\hat{f} = f(x;\hat
\theta_{\mathsf{MLE}})$, y hacemos una gráfica de los cuantiles teóricos de
$\hat{f}$ contra los cuantiles muestrales.

**Ejemplo**. Consideramos la siguiente muestra:

```{r, fig.height=2.8, out.width = '95%'}
set.seed(32)
muestra <- rgamma(150, 0.4, 1)
qplot(muestra)
```

Y queremos usar un modelo exponencial. Encontramos los estimadores de maxima
verosimilitud

```{r}
est_mle <- MASS::fitdistr(muestra, "exponential")
rate_mle <- est_mle$estimate
rate_mle
```
```{r, fig.height=2.8, out.width = '65%'}
g_exp <- ggplot(tibble(muestra = muestra), aes(sample = muestra)) +
  geom_qq(distribution = stats::qexp, dparams = list(rate = rate_mle)) +
  geom_abline() + labs(subtitle = "Gráfica de cuantiles exponenciales")
g_exp
```

Donde vemos que el desajuste es considerable, y los datos tienen
una cola derecha considerablemente más larga que la de exponencial (datos son
casi dos veces más grande de lo que esperaríamos), y la cola
izquierda está más comprimida en los datos que en una exponencial.

Sin embargo, si ajustamos una gamma:

```{r, fig.width = 8, fig.height=3.5}
est_mle <- MASS::fitdistr(muestra, "gamma")$estimate
g_gamma <- ggplot(tibble(muestra = muestra), aes(sample = muestra)) +
  geom_qq(distribution = stats::qgamma,
          dparams = list(shape = est_mle[1], rate = est_mle[2])) +
  geom_abline() + labs(subtitle = "Gráfica de cuantiles gamma")
g_exp + g_gamma
```

El ajuste es considerablemente mejor para la distribución gamma
(puedes hacer el protocolo *Rorschach* para
afinar tu diagnóstico de este tipo de gráficas).

**Ejemplo**. Examinamos un modelo teórico para las cuentas totales del
conjunto de datos de propinas. En primer lugar:

1. Separamos comida y cena, pues sabemos que las cuentas tienden a ser
más grandes en las cenas.
2. En lugar de modelar la cuenta total, modelamos el gasto por persona, es decir,
la cuenta total dividida por el numero de personas. Grupos grandes pueden
producir colas largas que no tenemos necesidad de modelar de manera
probabilística, pues conocemos
el número de personas.

En este caso intentaremos un modelo lognormal, es decir, el logaritmo de los
valores observados se comporta aproximadamente normal. Puedes también intentar con
una distribución gamma.

Separamos por Cena y Comida, dividimos entre número de personas y probamos
ajustando un modelo para cada horario:

```{r}
propinas <- read_csv("data/propinas.csv") %>%
    mutate(cuenta_persona = cuenta_total / num_personas)
propinas_mle <- propinas %>%
  group_by(momento) %>%
  summarise(est_mle = list(tidy(MASS::fitdistr(cuenta_persona, "lognormal"))))  %>%
  unnest(est_mle)
propinas_mle
```

Ojo: estos parámetros están en escala logarítmica. Puedes checar aqui para ver
cómo calcular media y desviación estándar de las distribuciones originales.
Ahora verificamos el ajuste:

```{r, fig.height=3, out.width = '99%'}
g_1 <- ggplot(propinas %>% filter(momento == "Cena"), aes(sample = cuenta_persona)) +
  geom_qq(dparams = list(mean = propinas_mle$estimate[1], sd = propinas_mle$estimate[2]),
          distribution = stats::qlnorm) + ylim(c(0, 20)) +
  geom_abline() + labs(subtitle = "Cena")
g_2 <- ggplot(propinas %>% filter(momento == "Comida"), aes(sample = cuenta_persona)) +
  geom_qq(dparams = list(mean = propinas_mle$estimate[3], sd = propinas_mle$estimate[4]),
          distribution = stats::qlnorm) + ylim(c(0, 20)) +
  geom_abline() + labs(subtitle = "Comida")
g_1 + g_2
```
El ajuste es bueno, aunque podríamos checar la cola de la derecha en la Comida:
¿por qué existen esos valores relativamente grandes (alrededor de 25% más altos
de lo que esperaríamos).

```{block, type="ejercicio"}

- ¿Tiene sentido ajustar dos distribuciones con parámetros
separados? ¿Crees que estas dos distribuciones podrían compartir algún
parámetro? Para esto
puedes revisar el error estándar de los estimadores de máxima verosimilitud que mostramos
arriba. ¿Qué ventajas verías en usar menos parámetros? ¿Cómo implementarías la
estimación?
- ¿Qué pasa si intentas ajustar un modelo normal a estos datos?

```


## Modelos mal identificados {-}

Para algunos modelos y algunos parámetros, puede suceder que existan varias
configuraciones muy diferentes de los parámetros que sean consistentes con
los datos (en términos de verosimilitud, tienen verosimilitud alta similar), y
en estos casos decimos que el modelo (con los datos observados) está
**mal identificado**.

Esto presenta problemas múltiples: optimizar es más difícil,
hay incertidumbre grande en la estimación, y los parámetros se acoplan, haciendo
difícil su interpretación.


**Ejemplo.** Consideremos el ejemplo anterior donde queríamos estimar dos proporciones:
la proporción de examenes contestados al azar y la tasa de correctos. Vamos a suponer
que la probabilidad de tener respuesta correcta dado que el examen no fue contestado
al azar no es muy lejano a 1/5, que es la probabilidad de acertar a al azar.

Aquí está la función para simular y la log verosimilitud correspondiente. Aquí vamos
a ver un problema más difícil, así que usaremos la transformación logit para las
proporciones, y no obtener resultados fuera del rango 0-1 al optimizar:

```{r}
inv_logit <- function(theta){
  exp(theta) / (1 + exp(theta))
}
logit <- function(p){
  log(p / (1-p))
}
# Simular datos
sim_formas <- function(probs){
  p_azar <- probs[1]
  p_corr <- probs[2]
  tipo <- rbinom(1, 1, 1 - p_azar)
  if(tipo==0){
    # al azar
    x <- rbinom(1, 10, 1/5)
  } else {
    # no al azar
    x <- rbinom(1, 10, p_corr)
  }
  x
}
simular_modelo <- function(n, params){
  muestra <- map_dbl(1:n, ~ sim_formas(probs = inv_logit(params)))
  muestra
}
# log verosimilitud
crear_log_p <- function(x){
  log_p <- function(pars){
    p_azar = inv_logit(pars[1])
    p_corr = inv_logit(pars[2])
    sum(log(p_azar * dbinom(x, 10, 1/5) + (1 - p_azar) * dbinom(x, 10, p_corr)))
  }
  log_p
}
# simular datos
set.seed(12)
muestra <- simular_modelo(200, params = logit(c(0.3, 0.29)))
qplot(muestra)
```

```{r}
log_p <- crear_log_p(muestra)
res <- optim(c(0.0, 0.0), log_p, control = list(fnscale = -1))
res$convergence
est_mle <- res$par
names(est_mle) <- c("p_azar_logit", "p_corr_logit")
est_mle
probs_mle <- inv_logit(est_mle)
names(probs_mle) <- c("p_azar", "p_corr")
probs_mle
```

En primer lugar, parece ser que nuestras estimaciones son menos precisas. Vamos
a hacer *bootstrap* paramétrico:

```{r}
rep_boot <- function(rep, simular, crear_log_p, pars, n){
  muestra_bootstrap <- simular(n, pars)
  log_p_boot <- crear_log_p(muestra_bootstrap)
  # optimizamos
  res_boot <- optim(c(0.0, 0.0), log_p_boot,
    control = list(fnscale = -1))
  try(if(res_boot$convergence != 0) stop("No se alcanzó convergencia."))
  est_mle_boot <- res_boot$par
  names(est_mle_boot) <- names(pars)
  est_mle_boot["rep"] <- rep
  est_mle_boot["convergence"] <- res_boot$convergence
  est_mle_boot
}
set.seed(8934)
reps_boot <- map(1:500, ~ rep_boot(.x, simular_modelo, crear_log_p, est_mle,
                                   n = length(muestra))) %>%
  bind_rows
reps_boot %>% mutate(across(everything(), round, 2)) %>% head
```
En primer lugar, notamos varíación muy alta en los estimadores. El optimizador
encontró resultados que no tienen sentido:

```{r, out.width = "85%"}
ggplot(reps_boot,
       aes(x = inv_logit(p_azar_logit), y = inv_logit(p_corr_logit),
           colour = factor(convergence))) +
  geom_point() +
  xlab("p_azar") + ylab("p_corr")
```
Y notamos un problema grave: Tenemos mucha variación en nuestros estimadores,
y la correlación entre las estimaciones es alta. Esto deberíamos haberlo esperado,
pues como las probabilidades de contestar correctamente son muy similares a las
de contestar al azar:

- **Existen muchas combinaciones de parámetros que son consistentes
con los datos**. Decimos entonces que este modelo está mal identificado
con estos datos.
- La mala identificación, como vemos, es una propiedad tanto de modelo como
datos.

```{block, type="ejercicio"}

- ¿Qué conclusiones acerca del examen obtienes al ver estas simulaciones bootstrap?
¿Cómo se deberían reportar estos resultados?
- Qué pasa en este ejemplo si la $p_{corr}$ es más grande, o el tamaño de muestra es más
grande?
- Repite el ejercicio con los parámetros del primer ejemplo ($p_{azar} = 0.3, p_{corr}=0.75$)
y el mismo tamaño de muestra. ¿Qué sucede en este caso?
- En el caso extremo, decimos que el modelo no está indentificado, y eso generalmente
sucede por un problema en el planteamiento del modelo, independientemente de los datos.
¿Puedes imaginar un modelo así?

```