forked from HPCNow/SubmitScripts
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
amber10-mpi.sub
43 lines (43 loc) · 1.38 KB
/
amber10-mpi.sub
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
#!/bin/bash
##########################################
# Opcions i parametres de l'SGE
##########################################
# (1) Nom del treball (per identificar)
#$ -N AMBER-10-prova01
# (2) Recursos sol.licitats
#$ -l h_rt=0:50:0
#$ -l mem_free=4.0G
#$ -pe mpi 16
# (3) Fitxers de sortida
#$ -cwd
#$ -o amber01.out
#$ -e amber01.err
#$ (4) Envia un mail quan acava el treball.
#$ -m e
#$ -M [email protected]
##########################################
# Entorn d.usuari
##########################################
# Es carreguen els moduls a utilitzar
. /etc/profile
module load amber
module load openmpi
##########################################
# transferencia de dades
##########################################
# Es copien les dades al directori on es llenc,aran els calculs.
cd $TMPDIR
export Project=amber_mpi_16
export Input=$Project
cp -pr $HOME/path/amb/els/inputs/ $Input
##########################################
# calcul
##########################################
# Es crea un directori de sortida pels resultats.
export OMP_NUM_THREADS=1
#mpirun -np $NSLOTS $pe_machines sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o cytosine.out
mpirun -np $NSLOTS sander_mpi -O -i in.md -c crd.md.23 -o cytosine.out
##########################################
# Transferencia dels resultats
##########################################
cp -pr $Input $HOME/path/a/on/guardar/els/outputs/