forked from HPCNow/SubmitScripts
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
SIESTA.mpi
43 lines (42 loc) · 1.31 KB
/
SIESTA.mpi
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
#!/bin/bash
##########################################
# Opcions i parametres de l'SGE
##########################################
# (1) Nom del treball (per identificar)
#$ -N SIESTA-prova01
# (2) Recursos sol.licitats
#$ -l h_rt=0:60:0
#$ -l mem_free=2.0G
#$ -l num_proc=1
#$ -pe mpi 4
# (3) Fitxers de sortida
#$ -cwd
#$ -o molcas01.out
#$ -e molcas01.err
#$ (4) Envia un mail quan acava el treball.
#$ -m e
#$ -M [email protected]
##########################################
# Entorn d.usuari
##########################################
# Es carreguen els moduls a utilitzar
module load siesta/2.0.2
##########################################
# transferencia de dades
##########################################
# Es copien les dades al directori on es llenc,aran els calculs.
cd $TMPDIR
export Project=Siesta_mpi_4
export Input=$Project
export Output=$Project
cp -pr $HOME/path/amb/els/inputs/input.fdf $Input.fdf
##########################################
# calcul
##########################################
# Es crea un directori de sortida pels resultats.
export OMP_NUM_THREADS=1
mpirun -C -np $NSLOTS siesta_mpi < $Input.fdf > $Output.out
##########################################
# Transferencia dels resultats
##########################################
cp -pr $Output.out $HOME/path/a/on/guardar/els/outputs/